· 常规样本(组织&核酸)
常见动物组织样本(如冻存组织、全血等)
已提取好的核酸样本
· 受损DNA样本
古DNA样本、FFPE样本、血液cfDNA样本等
· 极低核酸起始量样本
提取核酸总量低于10ng的样本
· 重亚硫酸盐转化法(WGBS)
甲基化分析金标准
· 酶学转化法(NEEM-seq)
更高性能,更准确
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用于研究染色质可及性的方法。
其原理是通过转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性,使用携带已知序列DNA标签的转座酶复合物对开放染色质上DNA进行捕获。
真核生物的核DNA并不是裸露的,而是与组蛋白结合形成染色体的基本结构单位核小体,核小体再经逐步的压缩折叠最终形成染色体高级结构。DNA的复制转录过程需要将DNA的紧密结构打开,这部分打开的染色质,就叫开放染色质,打开的染色质允许其他调控因子结合的特性称为染色质的可及性(chromatin accessibility)。
ATAC-Seq由于步骤更少,结果稳定可靠,并可以在全基因组范围内检测染色质的开放状态,目前已经成为研究染色质开放性的首选技术方法。
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